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研究密云水库入库河流水体中总细菌和反硝化菌的群落组成与差异性, 为水库的安全管理与水质保障提供基础数据和科学依据. 选择对密云水库水质影响最大的 5 条入库河流 (潮河, 白河, 清水河, 对家河和白马关河), 对水体中的总细菌和氮循环功能微生物反硝化菌进行了聚合酶链式反应 (PCR) 扩增与高通量测序分析. 5 条入库河流中全细菌主要隶属于 6 个门, 而以 Proteobacteria (变形菌门) 为优势种群; 反硝化菌在门水平的分布则相对简单, 主要以 Proteobacteria 和少量 Deferribacteres (脱铁杆菌门) 构成. 不同入库河流全细菌的群落结构具有空间差异, 其中水文特征较为接近的白河和潮河全细菌群落结构具有较高相似性, 与其他 3 条入库河流群落差别较大; 水体中全细菌的 Shannon 多样性和 Chao1 丰富度均表现出较高水平. 氮磷污染较重的对家河和潮河反硝化菌群落结构比较类似, 其他 3 条入库河流之间则相对分散; 对家河全细菌和反硝化菌的多样性和丰富度表现出较低水平. 清水河水体中的全细菌和反硝化菌群落结构都较少受到已分析的环境因子影响, 可能与该河道的人工改造有关. 河流水体中全细菌以及关键功能微生物群落特征受到河流的水文, 形态和理化指标的综合影响, 可以作为水体环境与生态状况的重要指示项目, 在今后的水库水环境保护与管理中应予以重视.