作者
杨菊， 吴卓锋， 王刚， 刘晓光
发表日期
2013
期刊
计算机工程与科学
卷号
35
期号
9
页码范围
15-19
简介
PAML是一款利用最大似然法进行系统发育分析的软件包,被广泛使用.然而,由于模型复杂,参数众多,PAMI.的计算过程非常耗时.对PAMLq-最重要的codeml程序进行了并行算法研究,通过算法分析和程序Profiling确定程序瓶颈.在此基础上,利用现代CPU的多核并行能力和SIMD并行机制优化程序瓶颈,从而提高了程序整体的运行速度.实际数据集和人工数据集上的实验表明并行算法有效提高了codeml的计算速度,加速比最高达7.94倍.
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