Статья посвящена обобщению опыта разработки специализированных и персонализированных систем научной визуализации. Рассматриваются теоретические аспекты проблемы компьютерной визуализации и вопросы теории компьютерной метафоры и практики использования метафор при проектировании. В работе сделано обзорное описание разработанных в ИММ УрО РАН специализированных систем. В связи с этими разработками рассматривается проблематика онлайн и удаленной визуализации.