本研究之目的在於建立一套合理的績效評估系統,藉以提升高等教育機構的績效評估品質.由於高等教育機構肩負著教育服務的責任,而行政單位則是主導學校的營運規劃.因此,本研究結合平衡計分卡與資料包絡分析法作為績效評估工具,並以臺灣的公立S大學的13個行政單位作為研究對象.第一階段,本研究基於平衡計分卡的理論框架建立11項績效指標,包含:[流程構面],[顧客構面],[學習與成長構面],[財務構面]等四個構面.第二階段,本研究採用資料包絡分析法,衡量行政單位的績效表現狀況.區別有效率與無效率之行政單位.績效表現良好的單位被當作標竿學習對象;反之,無效率單位需要重新調度資源.本研究可以作為管理者擬定營運策略及資源分配的參考,引導行政事務工作者提升工作效率與效能,達成高等教育機構之校務發展目標,成就永續經營的願景.