Os rios brasileiros vêm sofrendo há décadas com os impactos ambientais associados com as atividades agrícolas. A bacia do rio Mogi-Guaçu está localizada em uma importante área dos estados de Minas Gerais e São Paulo, onde são intensos os cultivos de cana de açúcar, café e citrus. Neste estudo, foi avaliada a qualidade de água de duas microbacias do rio Mogi (Itupeva e Oriçanga), ambas no estado de São Paulo. Foram escolhidas quatro estações de coleta, sendo duas no rio Itupeva (duas seções de primeira ordem) e duas no rio Oriçanga (uma seção de 2ª ordem e outra de 3ª ordem). Cada par de estações compreendia um local minimamente perturbado ou ponto de referência e um local impactado. Cada estação foi amostrada bimensalmente (de julho a dezembro de 2005). Os parâmetros físico-químicos foram medidos com auxílio de uma sonda multiparâmetros da marca YSI (Yellow Springs Incorporated) Modelo 6820, para a determinação de: temperatura da água (ºC), oxigênio dissolvido (OD% saturação), oxigênio dissolvido (OD mg/L), potencial de oxi-redução (ORP mV), pH (unidades de pH), salinidade (ppt), condutividade elétrica especifica (mS/cm), turbidez (UNT), sólidos totais dissolvidos (g/L), nitrato (NO3-mg/L), amônia não ionizada (NH3 mg/L), e amônio (NH4+ mg/L). Em laboratório, com o auxilio de um espectrofotômetro da Marca HACH Modelo DR 2000, foram determinados os seguintes parâmetros, conforme metodologia descrita pelo próprio fabricante e contida no manual do usuário (HACH, 1988): fósforo total (mg/L), fósforo dissolvido (mg/L), nitrato (mg/L), nitrito (mg/L), amônia não inonizada (mg/L) e clorofila a (µg/L). A comunidade de macroinvertebrdos bentônicos foi monitorada através da coleta e identificação dos organismos existentes no substrato do fundo dos riachos selecionados para este estudo. O substrato era basicamente composto por areia, folhiço retido em áreas de correnteza, folhiço retido em áreas de remanso e pedras. Os dados da comunidade bentônica foram analisados por meio do cálculo de algumas medidas bioindicadoras, tais como: número total de indivíduos, número total de famílias,% Chironomidae,% de táxons dominantes, índice de riqueza de Margalef (SMargalef) e índice biótico BMWP-CETEC/ASPT (Junqueira & Campos, 1998). A análise dos diversos parâmetros físico-químicos de qualidade de água, com exceção do fósforo total e do nitrito, não revelou nenhuma alteração significativa em relação aos limites estabelecidos pela Resolução No. 357/2005 do CONAMA. A riqueza taxonômica para número de famílias de macroinvertebrados encontradas acompanhou os valores da riqueza de Margalef (SMargalef) e indicou um gradiente de qualidade de água, pois seus valores foram sempre maiores nos pontos mais preservados. A maior riqueza de famílias foi observada no ponto não impactado do rio Oriçanga (ORIC 1), enquanto os pontos impactados (ITUP 2 e ORIC 2) apresentaram valores mais baixos para o índice biótico aplicado e também para riqueza de Margalef. Vale destacar também a presença significativa da família Calamoceratidae (Trichoptera) no ponto não impactado do rio Itupeva (ITUP 1), o que está relacionado ao bom nível de preservação da mata ciliar neste ponto e à elevada concentração de oxigê nio dissolvido.