Sebagai lembaga pendidikan Islam, pesantren juga membutuhkan tata kelola atau manajemen kelembagaan. Pesantren layaknya lembaga pendidikan lainnya berhubungan dengan lingkungan kelembagaan; baik lingkungan internal maupun lingkungan eksetrnal. Lingkungan internal mencakup struktur organisasi, sistem dan kebijakan madrasah, Manajemen Sumber Daya Manusia (MSDM) dan tata nilai. Sedangkan lingkungan eksternal meliputi politik, kebijakan pemerintah, perkembangan IPTEK, dst. Artikel ini hendak mellihat budaya internal organisasi di lembaga pendidikan yang ada di lingkungan pesantren. Untuk menjawab hal ini, penulis menggunakan metode penelitian kualitatif deskriptif analisis melalui rancangan studi kasus di MTs. Al Ibrahimy, Konang, Bangkalan. Penelitian ini menemukan bahwa budaya pesantren telah memberikan sumbangsih atas wajah Islam ramah sebagai corak Islam di Nusantara selama ini. Lebih lanjut temuan ini mengkonfirmasi bahwa nilai-nilai pesantren diejawantahkan dalam lembaga pendidikannnya berupa kebijakan, nilai yang dianut dan diajarkan serta nilai sikap yang ditanamkan kepada para asatidz dan para santri pesantren. Secara garis besar, budya pesantren tersebut diimplementasikan pada budaya internal organisasi berupa tata nilai, tata tertib, SOP, dan visi misi yang mnecerminkan wajah Islam yang damai.