El aprovechamiento de microorganismos benéficos como las rizobacterias puede constituir una alternativa para promover el crecimiento vegetal, la productividad de las plantas y mejorar la fertilidad del suelo; además, de no contaminar al medio ambiente, ser de fácil aplicación y bajo costo. El objetivo del presente trabajo fue evaluar el efecto de la inoculación de microcápsulas y cultivo líquido de tres cepas de Pseudomonas putida sobre el crecimiento y rendimiento de pimiento morrón en invernadero. Se utilizaron las cepas FA-8, FA-56 y FA-60 de P. putida de forma individual y combinada, las cuales se inocularon de forma directa sobre la raíz mediante microcápsulas y suspensión líquida. El experimento se realizó en un invernadero con un arreglo de bloques al azar con nueve tratamientos y cuatro repeticiones. Los resultados indican diferencias significativas entre la incorporación de microcápsulas y cultivo líquido de rizobacterias en las plantas de pimiento morrón var. California Wonder, destacando las microcápsulas de la cepa FA-56 con incrementos significativos en altura, volumen radical, biomasa seca, rendimiento de fruto, contenido de sólidos solubles (°Brix) y UFC. La inmovilización de células de P. putida mediante microcápsulas les confiere protección y liberación paulatina, mejorando la adhesión y colonización de las rizobacterias sobre las raíces, induciendo mejor efecto en la promoción del crecimiento y productividad de las plantas de pimiento morrón, lo que puede ser una alternativa viable como biofertilizante para la producción sostenible del cultivo.