Se cuantificaron los niveles de cobre (Cu) y cadmio (Cd) en los sedimentos del estero Farfán, localizado en el golfo de Montijo, Panamá. Se tomaron muestras de sedimento en seis estaciones, con nucleadores de PVC de 2” de diámetro y se midieron salinidad, temperatura, oxígeno disuelto y pH del agua con una sonda multiparamétrica, muestreos mensuales, tres meses de temporada seca y tres lluviosa. La determinación de cobre y el cadmio en las muestras de sedimento fueron digestadas con ácido nítrico y leídas por espectrofotometría de absorción atómica con horno grafito. Se calcularon los índices de acumulación y de riesgo ecológico. El cobre presentó valores entre 5, 1 y 151, 5 µg/g, y el cadmio varió entre 0, 01 y 0, 18 µg/g. Se observaron diferencias significativas (p= 0, 0009) entre las concentraciones de cobre y la temporada de colecta y relación con arena media y pH. La cantidad de cadmio no mostró relación con las variables estudiadas, sitio ni temporada de muestreo. Los valores encontrados fueron inferiores a los reportados para el Pacífico panameño.