Los objetivos de esta investigación son conocer la relación existente entre la alineación estratégica (AE), la cultura organizacional (CO), los procesos de innovación (INN) y las prácticas de flexibilidad laboral (PFL) con la percepción del desempeño empresarial desde la perspectiva del trabajador. Para estos efectos utilizamos un análisis d tipo cuantitativo con una muestra de 98 personas que trabajan en empresas con más de 500 trabajadores. Para este estudio definimos desempeño empresarial en 5 formas alternativas: iniciativa y creatividad (IC), objetivos alcanzados (OA), satisfacción del trabajador (ST), evolución rápida del trabajador (EO) y aprovechamiento de los recursos (AR). Los resultados preliminares indican que la CO y la AE tienen un efecto inequívoco en promover el desempeño de la empresa, independientemente de la definición que se utilice. Sin embargo, la INN y las PFL tienen efectos no simétricos en el desempeño de la empresa; estos resultados dependen de la definición de desempeño que sea utilizada, es decir, las empresas enfrentan una disyuntiva en la definición de los objetivos de desempeño y los procesos de flexibilidad organizacional a seguir. En resumen, los procesos de INN y las PFL trabajan de manera opuesta en el alcance de los objetivos de desempeño, y no dan unidireccionalmente una ventaja competitiva y sostenible.