Kelapa Genjah kopyor asal Pati, Jawa Tengah merupakan kekayaaan hayati asli Indonesia dengan nilai ekonomi tinggi. Informasi keragaman genetik kelapa kopyor masih terbatas. Data keragaman morfologi dan genetik diperlukan dalam program pemuliaan kelapa kopyor. Penelitian ini mempelajari keragaman tiga varietas kelapa genjah kopyor asal Pati yang telah dilepas berdasarkan karakter morfologi, kuantitas endosperma, dan keragaman alel marka SSR. Penelitian dilakukan di Pati dan di Laboratorium Plant Molecular Biology, Departemen Agronomi dan Hortikultura, IPB. Evaluasi dilakukan terhadap tiga populasi kelapa Genjah kopyor (hijau, coklat, dan kuning) dengan 30 tanaman sampel untuk setiap populasi. Rataan data morfologi digunakan untuk menyusun dendogram. Kuantitas endosperma diamati pada satu buah kelapa kopyor per tanaman yang dievaluasi. Karakteristik endosperma dikelompokkan sesuai kategori yang telah ditetapkan. Untuk setiap populasi, analisis marka dengan lima pasang primer SSR dilakukan pada 10 tanaman sampel. Data yang didapat digunakan untuk menentukan keragaman genetik kelapa Genjah kopyor asal Pati. Hasil pengamatan menunjukkan keragaman morfologis dan alel SSR antar tanaman dalam varietasnya (keragaman intra-varietas) rendah. Sebaliknya, keragaman morfologis dan alel SSR antar varietasnya tinggi. Kuantitas endosperma kelapa Genjah kopyor asal Pati bervariasi antara skor 1–6. Keragaman genetik yang rendah dalam varietas dan tinggi antar ketiga varietas (coklat, hijau, dan kuning) memperkuat pelepasan ketiganya sebagai varietas lokal. Selain itu, keragaman genetik antar tanaman dalam varietas yang rendah mendukung penggunaan ketiga varietas lokal sebagai tetua dalam program perakitan varietas kelapa kopyor unggul baru. Tetua yang dipilih dapat diseleksi intra-varietas berdasarkan persentase buah kopyor per tandan dan skor kuantitas endosperma yang tinggi.