La periodontitis afecta a más del 20% de la población latinoamericana. La presencia de marcadores de estrés oxidativo se asocia con una mayor progresión de periodontitis, por lo que su rol en la patogenia debe estudiarse. Determinar la prevalencia de las principales bacterias y virus asociados con la periodontitis y estimar la capacidad antioxidante total y la peroxidación de lípidos en la saliva de los pacientes con periodontitis. Se hizo un estudio transversal en 87 sujetos sanos diagnosticados con periodontitis (P) según los criterios de los Centers of Disease Control and Prevention y la American Academy of Periodontology y 14 sujetos sin enfermedad periodontal como grupo control (C). En las muestras subgingivales se identificaron los principales virus y bacterias mediante técnicas de PCR. Los niveles de capacidad antioxidante total y malon-di-aldehído (MDA) se establecieron mediante espectrofotometría en muestras de saliva no estimulada. Las medias de profundidad del sondaje y del nivel de inserción clínico periodontal en pacientes con periodontitis fueron 5, 6±1, 7 y 6, 1±3, 1 mm, respectivamente. Los microorganismos más prevalentes fueron Aggregatibacter actinomycetemcomitans (32, 5%) y Porphyromonas gingivalis (18, 6%). Los pacientes deáreas rurales registraron un mayor porcentaje de A. actinomycetemcomitans (urbano: 17, 9% Vs. rural: 48, 9%; p= 0, 0018). La frecuencia de los genes EBV, HSV1 y 2, y HCMV fue de 2, 3%. En pacientes con periodontitis se evidenciaron mayores niveles de MDA (P: 2, 1±1, 5; C: 0, 46±0, 3 μmol/g proteína; p= 0, 0001) y capacidad antioxidante total (P: 0, 32±0, 2; C: 0, 15±0, 1 mM; p< 0, 0036). La presencia de bacterias periodontales patógenas no modificó los marcadores oxidativos. Aggregatibacter actinomycetemcomitans fue el agente patógeno mas prevalente. Su presencia no modificó los niveles de marcadores oxidativos en la saliva de los pacientes con periodontitis.