Secara historis pendidikan dalam bentuk madrasah tidak bisa diisolasikan dalam sirah perjalanan bangsa Indonesia, pendidikan di madrasah merupakan kunci inti, satusatunya lembaga pendidikan yang telah lama tumbuh dan berkembang di Indonesia sebelum pemerintah kolonial Belanda datang dan memperkenalkan sistem sekolah pada abd ke-19. Kehadiran kolonial penjajah membuat sistem pendidikan menjadi dualisme coraknya, dimana pendidikan Islam di madrasah pada saat itu terus berjalan dalam rangka memperluas dan memperdalam ilmu pendidikan tentang ke-Islaman bagi warga negara bangsa Indonesia yang beragama Islam dan dilain sisi sekolah yang dibangun pemerintah kolonial juga terus berjalan. Keduanya berjalan dalam kondisi yang sangat berbeda baik dalam pemberian materi pembelajaran maupun dalam segi performencenya.