Tujuan penelitian ini adalah untuk merancang, membangun, dan mengimplementasikan aplikasi yang dapat menganalisa penyakit THT dengan menggunakan perbandingan dari metode Certainty Factor dan metode Dempster-Shafer pada sistem pakar. Metode Certainty Factor merupakan salah satu metode yang digunakan untuk menangani ketidakpastian dalam sistem pakar. Sedangkan metode Dempster-Shafer adalah salah satu metode matematika untuk mencari nilai kepastian dari potongan-potongan gejala yang dikombinasikan menjadi satu sehingga didapat nilai kepastian dari setiap masalah yang ada. Output yang dihasilkan berupa nama penyakit, proses perhitungan dan hasil perhitungan dari kedua metode. Pada penelitian ini pengujian yang digunakan yaitu pengujian akurasi menggunakan teori Confusion Matrix dengan membandingkan hasil yang diberikan oleh sistem pakar berdasarkan kedua metode dan data dari pakar. Hasil pengujian menunjukkan bahwa nilai akurasi yang diberikan metode Certainty Factor sebesar 98, 9% dan 99, 2% pada akurasi metode Dempster-Shafer.