Scipion: A software framework toward integration, reproducibility and validation in 3D electron microscopy

JM De la Rosa-Trevin, A Quintana, L Del Cano… - Journal of structural …, 2016 - Elsevier
In the past few years, 3D electron microscopy (3DEM) has undergone a revolution in
instrumentation and methodology. One of the central players in this wide-reaching change is
the continuous development of image processing software. Here we present Scipion, a
software framework for integrating several 3DEM software packages through a workflow-
based approach. Scipion allows the execution of reusable, standardized, traceable and
reproducible image-processing protocols. These protocols incorporate tools from different …

Scipion: a software framework toward integration, reproducibility and validation in 3d electron microscopy

M de la Rosa - 2017 - dialnet.unirioja.es
En los últimos años, la microscopía electrónica tridimensional (3DEM) ha experimentado
una gran revolución tanto instrumentamental como metodológica. Uno de los factores
principales de dicha revolución es el desarrollo del software de procesamiento de
imágenes. En esta tesis presentamos Scipion, una plataforma que integra los distintos
paquetes de procesamiento de image en 3DEM. Scipion permite la ejecución de protocolos
de procesamiento de imágenes de una forma reusable, estandarizada y reproducible. Estos …
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