Logam tembaga (Cu) merupakan salah satu logam berat yang dapat mencemari lingkungan, khususnya perairan. Cu merupakan logam berat yang membahayakan kesehatan manusia, namun Cu juga dibutuhkan dalam kehidupan makhluk hidup sebagai elemen mikro. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh pemberian kontaminan Cu dengan konsentrasi yang berbeda terhadap struktur akar anakan mangrove Rhizophora mucronata selama 30 hari pengamatan. Rhizophora mucronata diambil dari Desa Tapak, Tugu, Semarang Jawa Tengah. Penelitian ini dilakukan pada bulan Juni sampai Agustus 2012 di Kampus Ilmu Kelautan Universitas Diponegoro Semarang. Penelitian berupa eksperimental laboratoris menggunakan rumah plastik dengan berbagai konsentrasi Cu (0; 20; 100 dan 500 ppm) sebagai perlakuan. Pengamatan struktur akar menggunakan mikroskop dilakukan di Laboratorium Tumbuhan Fakultas MIPA Universitas Diponegoro. Hasil penelitian struktur akar yang diamati meliputi epidermis, korteks, xilem dan floem. Selama 30 hari pengamatan, pemberian kontaminan Cu dengan konsentrasi 20; 100 dan 500 ppm tidak berpengaruh pada struktur akar Rhizophora mucronata. Struktur akar yang diberi kontaminan Cu tidak mengalami perubahan bentuk dibandingkan dengan kontrol (0 ppm)