Con el fin de determinar los esquemas de distribución horizontal y vertical en la estructura de la comunidad de copépodos epipelágicos y mesopelágicos de la Ecorregión Caribe Oceánico (CAO) y las variables oceanográficas que la regulan; se realizaron siete expediciones oceanográficas, entre los años 2013 y 2018, enmarcadas en los proyectos de exploración de línea base ambiental marina entre la Agencia Nacional de Hidrocarburos (ANH) y el INVEMAR. Se colectaron datos oceanográficos y 140 muestras de zooplancton en cuatro rangos de profundidad, entre los 0 y 1000 m. Se identificaron un total de 133 especies, de los cuales, 33 son nuevos registros para el Caribe colombiano y a 50 se les amplia la distribución geográfica. Se sugieren cuatro especies indicadoras para la Corriente Norecuatorial y la masa de Agua Superficial del Caribe (ASC) y dos indicadoras de masas de agua profunda como el Agua Central del Atlántico Norte (ACAN) y el Agua Intermedia Subantártica (AIS). El ensamblaje de copépodos responde a patrones oceanográficos locales que están regulados (24%) por la variabilidad del oxígeno disuelto y la temperatura en la columna de agua. La estructura horizontal del ensamblaje presenta una sectorización espacial: zona suroeste-centro, zona de influencia de la pluma del río Magdalena y zona noreste. Los procesos de mezcla de masas de agua, y los mecanismos de migración, favorecen la homogeneidad del ensamblaje vertical de los copépodos en la ecorregión CAO. Este estudio aportó información relevante sobre la riqueza, diversidad y densidad de individuos, brindando información clave para describir los procesos ecológicos y las diferentes respuestas a los factores oceanográficos que los modulan.