Stunting adalah kondisi gagal pertumbuhan pada anak (pertumbuhan tubuh dan otak) akibat kekurangan gizi dalam waktu yang lama, sehingga, anak lebih pendek atau perawakan pendek dari anak normal seusianya dan memiliki keterlambatan dalam berpikir. Clustering merupakan sebuah metode dalam data mining yang berfungsi untuk membantu proses pengelompokkan data dengan karakteristik yang sama ke suatu wilayah atau kelompok yang sama dan data dengan karakteristik yang berbeda ke wilayah atau kelompok yang lain. Pengelompokkan data yang digunakan dalam penelitian ini diterapkan pada penelitian penderita stunting dalam setiap desa dengan mengelompokkan desa tingkat stunting sangat tinggi, tinggi, sedang dan rendah dengan parameter yang ditentukan yaitu jumlah balita, jumlah penderita stunting dan persentase antara balita dengan penderita stunting. Pengelompokkan hasil stunting bertujuan untuk menginformasikan kepada masyarakat dan pemerintah daerah tentang tingkat penderita stunting. Dalam penelitian ini daerah pengelompokkan yang sudah didapat dimunculkan ke dalam peta untuk dapat menyajikan suatu sistem informasi geografis untuk kesehatan masyarakat. Pengimplementasian metode K-Means terletak pada centroid dan perhitungan jarak untuk mendapatkan jarak terdekat dengan menggunakan Euclidean Distance. Dengan data uji sebanyak data desa di Kabupaten Langkat pada tahun 2021, dapat disimpulkan bahwa sistem mampu mengelompokkan penderita stunting di setiap desa menjadi empat kluster dengan akurasi metode K-Means clustering mencapai 85.4%.