Изобретение относится к способу использования маркерных белков сапробных групп индикаторных организмов для оценки экологического состояния окружающей среды. Способ предусматривает отбор пробы организмов из оцениваемой среды, проведение анализа аминокислотных последовательностей маркерных белков индикаторных организмов на определение участков аминокислотных последовательностей маркерных белков, уникальных для каждой сапробной группы индикаторных организмов. Для указанного анализа аминокислотных последовательностей маркерных белков создают выборку аминокислотных последовательностей белка для каждой сапробной группы индикаторных организмов, осуществляют множественное выравнивание маркерных белков и проводят определение участков аминокислотных последовательностей маркерных белков, уникальных для каждой сапробной группы индикаторных организмов. Затем получают антитела, специфически распознающие эти участки аминокислотных последовательностей маркерных белков, иммунноферментным анализом определяют количество маркерных белков каждой сапробной группы индикаторных организмов в пробе, к которой-сапробной группе-получены антитела. Определяют суммарное количество маркерных белков всех сапробных групп индикаторных организмов. Рассчитывают частоту встречаемости каждой сапробной группы индикаторных организмов в пробе, для чего количество маркерного белка каждой сапробной группы индикаторных организмов делят на суммарное количество маркерных белков всех сапробных групп индикаторных организмов в пробе. Рассчитывают суммарный индикаторный вес (СИВ) сапробных групп индикаторных организмов в пробе, указывающий на сапробность водоема, для чего частоту встречаемости каждой сапробной группы индикаторных организмов умножают на её–сапробной группы-индикаторный вес, равный 0, 1 для ксеносапробной группы, 1, 0 для олигосапробной группы, 2, 0 для b-мезосапробной группы, 3, 0 для а-мезосапробной группы, 4, 0 для полисапробной группы. Полученные результаты суммируют. Оценивают экологическое состояние окружающей среды следующим образом: при СИВ менее 0, 5 окружающую среду оценивают предельно чистой и благополучной; при СИВ от 0, 5 до 1, 5 окружающую среду оценивают чистой и благополучной, не нуждающейся в выполнении природоохранных мероприятий; при СИВ от 1, 5 до 2, 5 окружающую среду оценивают удовлетворительной чистоты, нуждающейся в выполнении природоохранных мероприятий по мере возможности; при СИВ от 2, 5 до 3, 5 окружающую среду оценивают загрязненной, нуждающейся в выполнении природоохранных мероприятий, направленных на устранение отдельных видов загрязнителей и последствий их действия; при СИВ от 3, 5 и более окружающую среду оценивают грязной и неблагополучной, нуждающейся в срочном выполнении комплексных природоохранных мероприятий. Изобретение может быть использовано для оценки экологического состояния окружающей среды. 5 пр., 5 ил.