El presente trabajo aborda los diversos aspectos controvertidos del IVA, en relación con las entidades del Tercer Sector. La carencia de una ley específica que las enmarque, junto con la falta de consideración de tales organizaciones como empresarios o profesionales, en determinados casos, dificulta su análisis. A través de un estudio sistemático de la doctrina y la jurisprudencia se examinan algunas de las principales cuestiones en la interacción de estos sujetos con el impuesto indirecto. Entre ellas destacan: las diferencias entre el concepto de establecimiento de carácter social y entidad sin ánimo de lucro, la aplicación de las diferentes exenciones y la interacción de estas con las deducciones. El trabajo concluye con unas reflexiones sobre la aplicación del tipo del 0% y sobre los nuevos interrogantes planteados a raíz de la reciente aprobación de la Ley de residuos y suelos contaminados.