Se analizaron características físicas, químicas y biológicas (fitoplancton, zooplancton, macroinvertebrados y peces) de las quebradas Doña Juana y Villa Paola afluentes de tipo secundario del río Quindío, Alto Cauca. Se encontró que el oxígeno y el porcentaje de saturación fueron altos. La quebrada Doña Juana mostró un coeficiente de variación bajo en pH, conductividad, y durezas (cálcicas, magnésicas y totales); la acidez fue alta en lluvias, mientras los sólidos altos en sequía. La quebrada Villa Paola mostró valores altos de sólidos, durezas (cálcicas, magnésicas y totales) y Demanda Química de Oxigeno (DQO). El déficit de oxígeno cambió fuerte y negativamente en la quebrada Villa Paola (coeficiente de variación, CV, dos veces más altos al comparar con la quebrada Doña Juana). Se registraron cuatro clases y 10 órdenes de macroinvertebrados, cinco divisiones, 14 familias y 15 géneros de fitoplancton, y seis clases, 11 familias y 13 géneros de zooplancton, dos órdenes, tres familias y cinco especies de peces; los que difieren en presencia, frecuencia y abundancia entre quebradas. Estos drenajes se comportan como ecosistemas oligotróficos de alta montaña neotropical.