En las últimas décadas, la biometrıa ha ganado terreno en el campo de la autentificación e identificación de personas debido a propiedades como singularidad, accesibilidad, aceptabilidad, inalterabilidad, universalidad, etcétera. Sin embargo, la transmisión de datos a través de canales inseguros y almacenamiento de información biométrica es un problema de seguridad en la actualidad. Por otra parte, los sistemas caóticos poseen caracterısticas y propiedades criptográficas muy útiles para el diseno de algoritmos de cifrado eficientes y seguros. En este trabajo, se presenta una aplicación del algoritmo de cifrado caótico presentado previamente en Murillo-Escobar et al.(2014), para cifrar plantillas de huella dactilar en base a secuencias caóticas optimizadas del mapa logıstico y una ronda de permutación-difusión para proteger los datos y evitar robo de identidad. La plantilla de la huella dactilar (2072 bytes de tres muestras) se extrae por medio de un módulo lector de huella dactilar y un microcontrolador de 32 bits, para su análisis en computadora. Se presenta un análisis de seguridad basado en simulación en MatLab para verificar la eficiencia, seguridad del cifrado propuesto y su potencial uso en sistemas embebidos de autentificación biométrica.