Introducción: Los grupos indígenas se enfrentan a la discriminación y exclusión, lo que genera inequidades en el ámbito de la salud. Además, son nutricionalmente vulnerables, lo que afecta su potencial de crecimiento y desarrollo en comparación con población no indígena. Objetivo: comparar el estado nutricional y medidas antropométricas entre escolares zapotecas y no zapotecas de una región de Oaxaca, México. Material y métodos: estudio descriptivo trasversal en una muestra representativa de 477 escolares de 8 a 11 años de un municipio de Oaxaca. Se dividió a la población en zapoteco (Zap+) y no zapoteco (Zap-). Se obtuvo el peso, talla, circunferencia de cintura, circunferencia de brazo y el pliegue tricipital. Se calculó el IMC para la edad, el índice cintura-talla e indicadores del componente graso y muscular del brazo. Se utilizó la prueba chi cuadrada y exacta de Fisher para diferencias proporcionales Resultados: El 51, 5% de escolares fue Zap+ y se reportó una alta prevalencia de sobrepeso y obesidad de 33, 7%. Las niñas Zap+ presentaron mayor prevalencia de desmedro (p= 0,032) y los niños Zap+ presentaron menor% área grasa de brazo (0,004). Entre niños y niñas Zap-, los niños presentaron bajo peso (p= 0,040) y musculatura reducida (p= 0,003), mientras que las niñas presentaron mayor proporción grasa arriba del promedio (p=< 0,001). Los niños Zap-presentaron mayor prevalencia de desmedro en comparación con los Zap+(p= 0,022). Esta diferencia se mantuvo hasta los 11 años (p= 0,007). Se observó que las niñas Zap+ de 11 años presentaron una menor musculatura (p= 0.001) y mayor riesgo cardiovascular (p= 0,032) en comparación con las Zap-. Conclusiones: Se observaron cambios seculares positivos en niños Zap+ reflejados en una mayor talla que las niñas Zap+ y niños Zap-, y una tendencia al aumento del IMC y riesgo cardiovascular en las niñas Zap+ lo cual podría reflejar una posible transición nutricional.