Les cultivars modernes de canne à sucre ont un génome particulièrement complexe, polyploïde et aneuploïde. Ils dérivent de croisements impliquant un nombre réduit de clones ancestraux (Saccharum officinarum et S. spontaneum), ayant pour conséquence un déséquilibre de liaison (DL) appréciable chez ces cultivars. Ce travail vise à confirmer la faisabilité d'études d'associations exploitant le DL, afin d'identifier des allèles impliqués dans le déterminisme de la résistance à deux maladies: la feuille jaune (ac. Sugarcane Yellow Leaf Virus), et l'échaudure des feuilles (ac. X. albilineans). Deux populations de près de 200 cultivars ont été phénotypées pour la résistance à la feuille jaune, l'une à la Réunion et l'autre en Guadeloupe. Cette dernière a également été phénotypée pour la résistance à l'échaudure des feuilles. Les analyses d'associations ont été réalisées avec près de 4000 marqueurs (AFLP et DArT), avec différents modèles prenant en compte la structure de la population et les apparentements entre individus. Les marqueurs les plus robustes ont été sélectionnés à un risque d'erreur calculé sur l'ensemble du génome. Une étude de diversité a été réalisée sur un panel de clones ancestraux pour déterminer l'origine spécifique des marqueurs. Ces analyses ont permis d'identifier 23 marqueurs associés à la résistance à l'échaudure des feuilles, et 30 marqueurs associés à la résistance à la feuille jaune, présentant des R2 individuels de 2, 2 à 4%. Des sous-ensembles de 6 à 10 marqueurs expliquent 36 à 51% de la variation phénotypique. La majorité des sources de résistance et de sensibilité est issue de l'espèce sauvage S. spontaneum.