Este estudio representa la primera investigación sobre las algas marinas bentónicas de la Laguna San Ignacio, BCS Durante 1992-93 se realizaron muestreos en cada estación del año en ocho localidades ubicadas en la boca, parte media y cabecera de la laguna. Se determinaron 85 taxa: 2 fueron Cyanophyceae (2.3%), 48 Rhodophyceae (56.5%), 14 Phaeophyceae (16.5%) y 21 Chlorophyceae (24.7%). Los taxa estàn comprendidos en 27 familias, de las cuales 15 presentaron un solo taxon. Las familias de la clase Cyanophyceae presentaron uno, mientras que la familia mejor representada para la Rhodophyceae fue Rhodomelaceae con 16 taxa; para la Phaeophyceae; Dictyotaceae y Scytosiphonaceae con 4 y para la chlorophyceae; Ulvaceae con 11. A nivel infraespecífico se identificó una subespecie y trres variedades. El 41% de los taxa fueron de amplia distribución, el 40% de afinidad templada y el 19% de afinidad tropical, lo que señala a la ficoflora de la laguna como representativa de una zona de transición templada-cálida.