"Antecedentes: Los capsaicinoides son exclusivos del género Capsicum y son responsables de la pungencia del fruto. Las bases genéticas de la pungencia no han sido comprendidas completamente, aunque se han analizado varios genes candidatos, incluido el gen de la pungencia (Pun1). Objetivo: El objetivo principal de este estudio fue identificar el gen Pun1 en algunas muestras pungentes de Capsicum annuum del norte de México, adaptadas a condiciones de alta temperatura; y analizar la variabilidad de los polimorfismos en el gen. Metodología: La región codificante del gen se analizó mediante reacción en cadena de la polimerasa y los polimorfismos por análisis específicos con enzimas de restricción.Resultados: El gen Pun1 mostró patrones muy variables; las regiones variables fueron secuenciadas y encontramos 19 polimorfismos de un solo nucleótido en el primer exón y 7 en el intrón, algunos polimorfismos generaron cambios de aminoácidos; mientras que la del cultivar Chiltepin mostró más de una secuencia. Implicaciones: El modelo de homología de proteínas sugiere que estos polimorfismos podrían afectar su funcionalidad. Conclusión: Todos los cultivares pungentes de C. annuum analizados en este estudio fueron positivos para el gen Pun1 y presentaron una gran variedad de polimorfismos. Este estudio proporciona evidencia de la alta variabilidad que existe en el gen Pun1 responsable de la pungencia y podría permitir la selección de variantes con alta pungencia para obtener mayor cantidad de capsaicinoides para distintas aplicaciones. Palabras clave: Bioinformática; capsaicinoides; chile; variabilidad genética; pungencia; polimorfismos de un solo nucleótido."