Penelitian ini menunjukkan bahwa Islam adalah agama yang pada dasarnya mengajarkan toleransi terhadap umat non-muslim. Hal ini ditunjukkan dengan dalil-dalil agama dengan dasar Sunnah dan Hadis Nabi Muhammad saw, serta pemahaman yang dijelaskan oleh tokoh hadis di Indonesia Ali Mustafa Yaqub. Karena faktanya konflik yang terjadi antara muslim dan non-muslim bukan lagi berakar dari persoalan agama, melainkan adanya pihak ketiga seperti politik dan ekonomi. Penelitian ini dilakukan dengan mengeksplorasi pemikiran beliau semasa ia hidup melalui karya-karya serta kegiatankegiatan yang dilakukannya, sehingga menjadi simbol toleransi umat muslim dan non-muslim di Indonesia.