TAL (transcriptional activator-like) effectors (TALEs) are DNA-binding proteins, containing a
modular central domain that recognizes specific DNA sequences. Recently, the
crystallographic studies of TALEs revealed the structure of DNA-recognition domain. In this
article, molecular dynamics (MD) simulations are employed to study two crystal structures of
an 11.5-repeat TALE, in the presence and absence of DNA, respectively. The simulated
results indicate that the specific binding of RVDs (repeat-variable diresidues) with DNA …

概要 dHax3 TALE の DNA-free form と DNA-bound form の結晶構造を初期構造として, MD
シミュレーションを行った. 平衡時における水素結合の存在率, TALE と DNA 原子間距離の解析の
結果, 結合に重要な残基を同定し, これまでの実験結果とよく一致した. また, 平衡時の座標情報を主
成分分析した結果, open-close の運動が存在することがわかり, これが DNA
探索に重要であると考えられる.