Tulisan ini memfokuskan pada 2 (dua) isu utama, yaitu: pertama, bagaimana membangun mekanisme sistem checks and balances dalam mengelola keuangan negara, agar sejalan dengan upaya mewujudkan transparansi dan akuntabilitas pengelolaan keuangan negara? Kedua, bagaimana mengimplementasikan fungsi pengawasan intern pemerintah sebagai bagian dari pengelolaan keuangan negara? Metode penelitian yang digunakan adalah metode yuridis normatif. Pendekatan yang digunakan adalah pendekatan analitis dan yurisprudensi. Sifat dari penelitian yang dilakukan adalah penelitian deskriptif analitis. Mekanisme sistem checks and balances dalam mengelola keuangan negara tidak didukung dengan independensi bendahara pada kementerian/lembaga, karena bendahara diangkat oleh Menteri/Kepala Lembaga sebagai pengguna anggaran/pengguna barang dari kementerian/lembaga yang bersangkutan. Menteri Keuangan sebagai Bendahara Umum Negara tidak memiliki aparat pengawas intern sebagai bagian dari sistem pengendalian intern Bendahara Umum Negara. Inspektorat Jenderal Kementerian Keuangan adalah aparat pengawasan intern Menteri Keuangan sebagai Pengguna Anggaran/Barang. Pemerintah juga perlu melakukan restrukturisasi otoritas pengawasan intern-nya, dengan menempatkan Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan (BPKP) sebagai aparat pengawasan intern Menteri Keuangan sebagai Bendahara