Este trabalho tem o objetivo de descrever os princípios básicos para o monitoramento da parasitofauna de peixes, especialmente das brânquias e muco e consiste no primeiro passo para viabilizar a padronização de ferramentas para auxiliar o produtor a realizar o monitoramento sanitário em sua produção. Esta é uma metodologia simples e acessível, adaptada em laboratório da Embrapa Meio Ambiente para monitorar o estado de saúde dos peixes mantidos em experimentos laboratoriais, e que também pode ser utilizada no campo pelos técnicos e piscicultores.