Los cambios que ocurren actualmente a nivel mundial, tales como los avances económicos, tecnológicos y las crecientes exigencias de los servicios que prestarán las organizaciones que ejercen la auditoría hacen que se necesiten cada vez más herramientas de apoyo específicas para evaluar los sistemas de información en general. En este contexto se plantea como objetivo general de esta investigación proponer un programa de auditoría a los sistemas de información adecuado a las características del sistema empresarial cubano que permita el desarrollo efectivo de acciones de control de este tipo, ya que existen limitadas experiencias en este ámbito y generalmente con poco nivel de integración. Para su elaboración se utilizaron diferentes técnicas y herramientas tales como el diagrama causa-efecto, técnicas de auditoría y método de expertos, este último por la imperiosa necesidad de considerar la experiencia acumulada de auditores e informáticos. Palabras clave: auditoría, programas, sistemas de información.