En términos de división política, la Península de Yucatán está integrada por los estados mexicanos de Yucatán, Quintana Roo y Campeche, sin embargo los estudios geofísicos la ubican junto a Belice y el Petén en Guatemala conformando una gran cuenca.

En el territorio de la cuenca es notable la ausencia de prominencias morfológicas de importancia ya que el 90 por ciento de la superficie está a menos de 200 metros de altitud. Las precipitaciones van de 125 a 1200 milímetros que se filtran por el subsuelo llenado hasta el manto freático por el tipo de suelo permeable; de esta manera más del 97.4 por ciento de agua es subterránea y únicamente el 2.6 por ciento es superficial. En cuanto a la geología sobresale la presencia de un sistema kárstico que ha permitido la creación de una línea de manglares y de humedales a lo largo del litoral además de las miles de ventanas al acuífero: los cenotes, cuya morfología es variada y cuya diversidad ecológica es extraordinaria. Sin embargo, la llamada “cuenca” de la Península de Yucatán posee también varios ecosistemas fluviales poco estudiados y cuya problemática no es determinante en vista de la predominancia del tema de la calidad del agua en la agenda de la gestión hídrica de la región.