Terdapat sembilan spesies udang ekonomis penting di perairan Cilacap dan sekitarnya yang termasuk komoditas perikanan tangkap, dimana sebanyak 34% dari total udang yang tertangkap nelayan, menetas dan dibesarkan di kawasan laguna Segara Anakan. Kondisi ini mengisyaratkan agar dalam pengelolaan perikanan, Segara Anakan perlu mendapat perhatian termasuk aspek ekologis perairan. Untuk itu dilakukan penelitian dengan tujuan untuk mengkaji kelimpahan dan sebaran horizontal juvenil udang serta preferensi habitatnya di perairan Laguna Segara Anakan. Penelitian lapang dilakukan sebanyak 3 kali frekuensi pengambilan sampel, yaitu pada April, September dan Desember 2012. Pengambilan sampel udang dilakukan dengan alat tangkap mini beam trawl secara terstratifikasi pada delapan titik stasiun pengamatan. Analisa data meliputi kelimpahan dan distribusi horizontal udang, serta preferensi habitatnya. Kelimpahan juvenil udang tertinggi ditemukan di stasiun Klaces dan terendah di stasiun Sapuregel Kecil, dimana nilainya berkisar antara 8-446 ekor/1000 m2 (udang penaeid 8-336 ekor/1000 m2). Post larva udang penaeid tampak dapat menyesuaikan diri terhadap fluktuasi salinitas yang berkisar antara 2-35‰ hingga menjadi juvenil muda serta siap bermigrasi kembali ke laut hingga dewasa untuk melakukan siklus berikutnya. Dari data variasi kelimpahan dan pola sebaran juvenil udang diperoleh gambaran bahwa preferensi habitat bagi udang adalah tipe dasar perairan yang lembut (soft), biasanya terdiri dari campuran lumpur dan pasir. Kelompok udang penaeid ini tersebar relatif merata di perairan laguna.