GPU-accelerated molecular dynamics: State-of-art software performance and porting from Nvidia CUDA to AMD HIP

N Kondratyuk, V Nikolskiy, D Pavlov… - … Journal of High …, 2021 - journals.sagepub.com
Classical molecular dynamics (MD) calculations represent a significant part of the utilization
time of high-performance computing systems. As usual, the efficiency of such calculations is …

Universally Adaptable Multiscale Molecular Dynamics (UAMMD). A native-GPU software ecosystem for complex fluids, soft matter, and beyond

RP Peláez, P Ibáñez-Freire, P Palacios-Alonso… - Computer Physics …, 2025 - Elsevier
Abstract We introduce UAMMD (Universally Adaptable Multiscale Molecular Dynamics), a
novel software infrastructure tailored for mesoscale complex fluid simulations on GPUs. The …

LS-CAT: a large-scale CUDA AutoTuning dataset

L Bjertnes, JO Tørring, AC Elster - … International Conference on …, 2021 - ieeexplore.ieee.org
The effectiveness of Machine Learning (ML) methods depend on access to large suitable
datasets. In this article, we present how we build the LS-CAT (Large-Scale CUDA …

[PDF][PDF] Молекулярно-динамическое моделирование разупорядочения и массопереноса в нанокристаллах оксидного ядерного топлива: диссертация на …

Д Сеитов - 2023 - elar.urfu.ru
Устойчивое развитие ядерной энергетики требует решения таких задач, как
воспроизводство делящихся изотопов, замыкание ядерного топливного цикла …

LS-CAT: A Large-Scale CUDA AutoTuning Dataset

B Lars, J Tørring, AC Elster - 2021 - ntnuopen.ntnu.no
The effectiveness of Machine Learning (ML) methods depend on access to large suitable
datasets. In this article, we present how we build the LS-CAT (Large-Scale CUDA …

Проблемы переносимости и производительности мультиплатформенных молекулярно-динамических приложений для ГПУ

ВП Никольский, ВВ Стегайлов - Математическое моделирование и …, 2020 - elibrary.ru
В современных МД пакетах LAMMPS, GROMACS и OpenMM предоставляется
поддержка технологий CUDA и OpenCL, что обеспечивает высокую переносимость …