Bacteriophages affect evolution of bacterial communities in spatially distributed habitats: a simulation study

AI Klimenko, YG Matushkin, NA Kolchanov… - BMC microbiology, 2016 - Springer
Background Bacteriophages are known to be one of the driving forces of bacterial evolution.
Besides promoting horizontal transfer of genes between cells, they may induce directional …

Haploid evolutionary constructor: new features and further challenges

SA Lashin, YG Matushkin - In Silico Biology, 2012 - content.iospress.com
In this paper we consider the recent advances in methodology for modeling of prokaryotic
communities evolution and new features of the software package “Haploid evolutionary …

Spatial heterogeneity promotes antagonistic evolutionary scenarios in microbial community explained by ecological stratification: a simulation study

AI Klimenko, YG Matushkin, NA Kolchanov… - Ecological modelling, 2019 - Elsevier
There are two evolutionary trends in genome organization among microbes: towards either
amplification or reduction. Which evolutionary scenario overcomes depends on …

Simulating evolution of protein complexes through gene duplication and co-option

L Haarsma, S Nelesen, E VanAndel, J Lamine… - Journal of Theoretical …, 2016 - Elsevier
We present a model of the evolution of protein complexes with novel functions through gene
duplication, mutation, and co-option. Under a wide variety of input parameters, digital …

Компьютерное моделирование эволюции микробной популяции: преодоление локальных минимумов при достижении пика на ландшафте …

СА Лашин, ЗС Мустафин, АИ Клименко… - Генетика, 2020 - elibrary.ru
В данном исследовании с помощью компьютерного моделирования анализируются
механизмы пересечения долин пониженной приспособленности популяцией …

Computer Simulation of the Evolution of Microbial Population: Overcoming Local Minima When Reaching a Peak on the Fitness Landscape

SA Lashin, ZS Mustafin, AI Klimenko… - Russian Journal of …, 2020 - Springer
The study focuses on the mechanisms of crossing the valleys of fitness by a population of
haploid microorganisms, whose fitness depends on allelic values at two different loci and is …

[PDF][PDF] Моделирование эволюции усложнения и упрощения метаболизма прокариот в пространственно-гетерогенных средах

АИ Клименко, ЗС Мустафин, СА Лашин… - Математическая …, 2018 - impb.ru
Среди бактерий различных микробных сообществ существуют два противоположных
эволюционных тренда–направленных на усложнение и на упрощение метаболизма …

[PDF][PDF] КОМПЬЮТЕРНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ИЗМЕНЧИВОСТИ В ПРОСТРАНСТВЕННО-РАСПРЕДЕЛЁННЫХ МИКРОБНЫХ СООБЩЕСТВАХ

СА Лашин - icgbio.ru
Микробные сообщества (МС) являются тесно взаимосвязанными системами,
содержащими в себе клетки, относящиеся к разным штаммам, видам, родам и даже …

ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ ЭВОЛЮЦИИ ПРОКАРИОТИЧЕСКИХ СООБЩЕСТВ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ПРОГРАММНОГО …

ЗС Мустафин, ЮГ Матушкин… - … журнал генетики и …, 2014 - vavilov.elpub.ru
Аннотация В работе приведены результаты разработки высокопроизводительной
версии программного комплекса «Гаплоидный эволюционный конструктор»(http://evol …

[引用][C] Coevolution of Pathogens and Human Migration: Computer Simulation Using an Agent-Based Model

RS Williams - 2017 - Dartmouth College